2015年11月25日，由国家海关总署、财政部、国家税务总局、国家外汇总局四部委于联合批准设立；盐城港保税物流中心是盐城地区唯一一家保税物流中心（B型），是允许多家企业进入并从事保税仓储物流业务的海关集中监管场所。以港口为依托，以市场需求为导向，对完善我市沿海集疏运体系、做优对外开放载体平台、加速临港企业集聚发展具有积极地推动作用。
盐城港保税物流中心现建有仓库6栋，共计仓储面积55000平方米，其中包括月台式仓库4栋、通用式仓库1栋、冷链仓库1栋；集装箱、散货堆场共5万平方米；监管仓库，验货平台，卡口及控制室，进境肉类、水果综合型指定监管场地，跨境电商监管平台。具备年处理货物200万吨以及10万标箱的综合能力。
2024年9月份，预计新投入使用14万平方米通用仓库，3.5万吨冷库；增加货物年处理能力600万吨，冻品年处理能力12万吨。统一规划建设将实现多种监管场所分类监管到多合一集约化监管，充分发挥监管资源的集聚效应，形成管理合力，提高管理效能。
保税物流中心进境肉类、水果综合型指定监管场地已于2023年通过海关总署国家级验收，填补了江苏中部地区无进境肉类及进境水果指定监管场地的空白，为进出口企业提供开展进口肉类、水果等冷链业务的冷链基地。
根据盐城市跨境电商“1+4+N”的整体布局，盐城港保税物流中心作为盐城跨境综试区核心区，将大力开展跨境电商“网购保税进出口”（1210）模式业务，依托盐城港跨境电商园，以“网红经济+商圈产业+直播平台”为核心优势，积极构建“区块链贸易”“跨境物流+云仓”“跨境+产业带”等新业态模式，与国内外企业开展跨境电商合作，打造盐城地区国内国际“双循环”标杆电商园区，引导传统企业向外贸转型。
盐城港跨境电商园地处大丰海港新城核心区，前期总投资1.5亿元，占地面积2.1万平方米，建筑面积3.9万平方米，于2022年6月正式开园。主要进行自营和代理各类商品和技术的进出口业务服务，在盐城港保税物流中心拥有保税区A2仓库作为跨境电商监管中心。打造集线上集成+跨境贸易+综合服务功能型园区，全力构造投资贸易便利化、监管服务高效化、法制环境规范化、极具盐城特色的沿海跨境电商创新示范园区。利用大丰港的地缘优势，打造以日韩市场为主、辐射东南亚及欧美地区的跨境电商进出口物流集散中心。
